Alle Daten, die im System MCF entstehen oder aus Sub-Systemen zugeführt werden sind in unseren  Datenhaltungs-Systemen abgelegt. Hierzu zählen nicht nur Stammdaten, Verlaufsdaten und Daten aus Erhebungen sondern auch alle Befundtexte, sofern sie in MCF-eigenen Umgebungen erhoben wurden, da es keine geschlossenen Objekte gibt. Ohne das MCF-Basissystem und dessen hinterlegten Benutzer-Berechtigungen sind Patienten-Bezüge nicht herstellbar.

Damit wir es erstmals möglich, dass alle diese Informationen dediziert verknüpft und auch gegeneinander mit Relationen ausgewertet werden können. Kombinationsabfragen mit externen Daten sind ebenfalls realisierbar.

MCF besitzt hierfür einen Abfrage-Assistenten mit dem es auch ungeübten Anwendern ermöglicht wird, eigene Abfragen und Reports zu generieren, zu gestalten und für erneute Verwendung abzuspeichern.

Aufgrund der standardisierten Datenhaltung können hierfür auch Expertensysteme zur Recherche eingesetzt werden, deren Qualifikations-Anspruch durch das MCF-Tool nicht ersetzt werden soll.

Die Datenhaltung in MCF ist komplett offen gestaltet, berücksichtigt aber trotzdem alle Vorgaben zu Datenschutz und Datensicherheit. Unberechtigte Recherchen sind nicht möglich.